Difference: EvolutionaryNovelties (1 vs. 4)

Revision 32014-10-09 - StephanRichter

Line: 1 to 1
Changed:
<
<
META TOPICPARENT name="WebHome"
>
>
META TOPICPARENT name="Coreteam.WebHome"
 


Line: 106 to 106
 
  • EvoNovo.rtf: Suggested Projects (Summary by Schuster)
Changed:
<
<
META FILEATTACHMENT attr="" comment="Suggested Projects (Summary by Schuster)" date="1097141064" name="EvoNovo.rtf" path="EvoNovo.rtf" size="71403" user="PeterDittrich" version="1.1"
>
>
META FILEATTACHMENT attr="" comment="Suggested Projects (Summary by Schuster)" date="1097141064" name="EvoNovo.rtf" path="EvoNovo.rtf" size="71403" user="Coreteam.PeterDittrich" version="1.1"
META TOPICMOVED by="StephanRichter" date="1412847818" from="Coreteam.EvolutionaryNovelties" to="Biosys.EvolutionaryNovelties"

Revision 22004-10-07 - PeterDittrich

Line: 1 to 1
 
META TOPICPARENT name="WebHome"
Line: 30 to 30
 

Lennart Olsson

  • models of morphogenesis
Changed:
<
<

Wolfgang Weisser

>
>

Wolfgang Weisser

 
Line: 102 to 102
 
Changed:
<
<
-- PeterDittrich - 05 Oct 2004
>
>

Files

  • EvoNovo.rtf: Suggested Projects (Summary by Schuster)

META FILEATTACHMENT attr="" comment="Suggested Projects (Summary by Schuster)" date="1097141064" name="EvoNovo.rtf" path="EvoNovo.rtf" size="71403" user="PeterDittrich" version="1.1"

Revision 12004-10-05 - PeterDittrich

Line: 1 to 1
Added:
>
>
META TOPICPARENT name="WebHome"


Networking, People who are interested to discuss

  1. Sep 30

Erika Kothe

  • keine Zeit

Ulrich Moeller

  • Artificial Gene Regulatory Network Data (old collaboration)

GŁnter Theissen

Prof. Boland

Prof. Dr. Dr. Olaf Breidbach

  • Eigeladen mal zum Verein zu kommen
  • Treffen im November

Reinhard Guthke

  • Def. of novelties should become more precise...

Peter Herrlich

Lennart Olsson

  • models of morphogenesis

Wolfgang Weisser


Some Ideas for a Project

1. Evolutionary Novelties in RNA Evolution

It is widely believed that the computational secondary structure folding of RNA provides the most realistic genotype-to-phenotype mapping currently available. Thence it follows that simulated RNA evolution is a promising scenario to study evolutionary novelties in silico. Interesting questions to address are: How do evolutionary novelties appear? How do they depend on what kind of factors? Are they inevitable? And actually, what are evolutionary novelties in the context of RNA evolution? Various studies demonstrated punctuated evolution in simulation. So, a jump in the best fitness of a population may indicate an evolutionary novelty. But our preliminary studies showed that this ''jumping behavior'' depends crucially on the distance measure applied, and for some realistic measures it may virtually disappear. Therefore we have to find other computable indicators for evolutionary novelties, e.g., based on properties of the secondary structure. Furthermore, we plan to develop a model where there is not just one RNA evolving, but where the genotype consists of many genes coding for RNA. The fitness is then calculated based on nonlinear interactions among the secondary structures derived from these RNAs. These interactions may model metabolic, regulatory, or signal transduction processes.

2. Morphogenetic Programming

(Antrag liegt schon seit einiger Zeit halbfertig in der Schublade, deshalb zun"achst auf Deutsch; englische Version kann ich nachliefern. Dies ist ein informatisches Projekt, bei dem evolution"are Neuheiten eine wichtige Rolle spielen.)

Ziel des Projekts ist es, die Prinzipien der biologischen Evolution, Genexpression und der zellularen Kommunikation technisch nutzbar zu machen, um multizellulare verteilte technische Systeme zu entwickeln und zu beherrschen. Im Mittelpunkt steht dabei, das fundamentale Problem der Skalierbarkeit, oder besser, der Evolvierbarkeit, zu l"osen. Aus technische Sicht sucht man nach evolution"aren Verfahren, die m"oglichst viele Neuheiten, insbesondere qualitativer Art, hervorbringen. Es wird ein morphogenetisches Programmiersystem entwickelt, dass es erlaubt, die genregulatorischen und signalverarbeitenden Komponenten von multizelleluaren (simulierten) Einheiten zu evolvieren.

Ein weiteres Ziel des Projekts ist es, die bei der technischen Umsetzung biologischer Prinzipien gewonnen Methoden und Erkenntnisse wiederum zur Modellierung und Analyse biologischer Systeme zu verwenden. Die technische Seite steht dabei im Vordergrund (ca. 70\%), die biologischen Aspekte sollen 30\% der Projektarbeit ausmachen. (ein Vorschlag, je nach Ausrichtung des SFBs kann das angepasst werden)

3. Modeling and Simulation of Evolutionary Novelties

Wir k"onnen uns gut vorstellen, in enger Zusammenarbeit mit einem Partner aus der Biologie bestimmte Aspekte "biologischer Neuheiten" zu modellieren, zu simulieren und zu analysieren. Wir haben in diesem Bereich bereits einige Erfahrungen.

-- PeterDittrich - 05 Oct 2004

 
This site is powered by the TWiki collaboration platform Powered by PerlCopyright © 2008-2021 by the contributing authors. All material on this collaboration platform is the property of the contributing authors.
Ideas, requests, problems regarding TWiki? Send feedback

antalya escort bursa escort eskisehir escort istanbul escort izmir escort